韩国总统府6月5日表示，总统文在寅指示国防部，依据法令对“萨德”用地进行适当的环境影响评价，使“萨德”入韩获得程序正当性。文在寅认定此前的小规模“环评”不符合法令，并要求重新进行测评。因大规模环评程序复杂且耗时较长，加上韩国国防部涉嫌瞒报的4辆“萨德”发射车难以尽快部署到位，有分析认为，“萨德”反导系统完全启动的时间可能推迟到明年。

此前，韩国国防部计划对“萨德”用地、庆尚北道星州高尔夫球场进行小规模环评，且争取在今年6月完成相关工作。但青瓦台方面认为要进行大规模战略环评。

韩国青瓦台国民沟通首席秘书尹永灿5日举行记者会表示，经调查，指示瞒报4辆“萨德”发射车暗中入境的，是国防部政策室长魏升镐。魏升镐解释称，追加引进4辆“萨德”发射车一事与美方达成过保密协议，因此他才下令在此次报告中删除了相关内容。调查还发现，前总理黄教安也知晓相关情况。

尹永灿表示，新政府成立后，国防部以与美国达成保密协议为名，既不书面报告也不口头汇报有关“萨德”的关键内容，总统府无法容忍这样的行为。目前，魏升镐已被禁止插手“萨德”相关工作，相关人员也将接受进一步调查。

文在寅5月31日接见访韩的美国民主党参议员迪克·德宾时表示，与“萨德”入韩的必要性无关，民众对其程序、民主性和透明性提出质疑，因此政府要打消民众的这种疑虑。尤其是，民众强烈要求彻底作好环境评估工作。据韩国媒体报道，德宾同意韩国根据相关法律落实环评工作，若韩国民众希望通过国会程序作出决定，美方将予以尊重。

另据报道，韩国国防部长韩民求3日出席在新加坡举行的亚洲安全峰会(香格里拉对话会)时，与美国国防部长马蒂斯举行了双边会谈。韩民求解释，韩国政府采取的与“萨德”有关的措施纯属对内举措，并非为改变现有相关决定，或向美国释放其他信号。他说，韩方将基于牢固的韩美同盟关系解决相关问题。马蒂斯则表示理解和信任。

文在寅将于6月底赴美访问。韩国方面有分析认为，政府需要在韩美首脑会谈前后发挥好作用，以免使国内的“萨德”争议演变为韩美外交矛盾。